Reformacja i kontrreformacja – te dwa zwalczające się nurty religijne wywarły znaczy wpływ na architekturę sakralną.

W okresie reformacji na terenie Polski działało kilka kościołów (zborów) wywodzących się z religii katolickiej. W miastach szerzyła się nauka Lutra,
a szlachta opowiadała się bardziej za Kelwinem. To inaczej niż na zachodzie, gdzie kalwinizm był religią mieszczańską.

Na interesującym nas terenie najbardziej popularny był kalwinizm. Pierwszy zbór kalwiński powstał w Pińczowie w 1550 r. działała przy nim szkoła
i drukarnia.

Jak pisze prof. W. Krassowski w poł. XVI wieku przeszło 100 kościołów w Małopolsce zostało przejętych i przekształconych na zbory. Zapewne wiązało się to z niszczeniem wyposażenia i ozdób w świątyniach. W późniejszych wiekach kościoły powróciły do wyznawców religii rzymskokatolickiej.

Z bardziej znaczących byli jeszcze bracia czescy wywodzący się z husytyzmu, a później duże znaczenie mieli bracia polscy – arianie. Te protestanckie ruchy nie były zgodne, różniły się podejściem do spraw teologicznych i socjalnych, ale w 1570 r. zawarły tzw. ugodę sandomierską. W ugodzie tej wzajemnie się uznawały i zobowiązywały się wspólnie bronić swobody wyznania, ale do tego porozumienia nie dopuszczono arian, których wcześniej kalwini chcieli wygnać z Polski – zgłosili taki projekt na sejmie w 1566 r.

Arianie swą nazwę wzięli od Ariusza z Aleksandrii którego potępił sobór w 325 r. Nie uznawali oni boskości Chrystusa, którego uważali za człowieka doskonałego, nie uznawali Trójcy Świętej dlatego byli nazywani antytrynitarzami. W sprawach społecznych także mieli radykalne poglądy, choć nie chcieli wprowadzać ich siłą, a tylko wiarą i słowem bożym. Wyrzekali się używania broni i przyjmowania urzędów. Były to znaczne różnice w stosunku do kalwinistów, a kiedy jeszcze z polecenia Kalwina spalono w Genewie głoszącego takie poglądy lekarza, musiało dojść do rozłamu. W Polsce w roku 1562 doszło do podziału kalwinistów na dwa zbory: Zbór Większy i Zbór Mniejszy, ten mniejszy był zborem ariańskim.

Raków był głównym ośrodkiem arian czyli braci polskich. Działała tu drukarnia i szkoła średnia o wysokim poziomie nauczania – Akademia Rakowska, istniał budynek zboru.

Do tych protestanckich zborów przyłączyła się znaczna ilość szlachty niezadowolona z powodu bogacenia się i pozycji kościoła katolickiego, duchowieństwa, i płacenia na nich podatków.

Sytuacja jaka w Europie powstała po wystąpieniu Lutra i Kalwina, wywołała reakcję kościoła rzymsko-katolickiego. Sobór trydencki uporządkował sytuację w kościele, a jego uchwały utrzymały się aż do II soboru watykańskiego. Dużą rolę na soborze trydenckim odegrali jezuici, oni kierowali działalnością przeciw reformacji. W Polsce największym wrogiem nowych ideologii był biskup Jakub Zadzik herbu Korab, pełnił on jednocześnie funkcje kanclerza wielkiego Korony.